Andres Mustonen on aastakümneid dirigendina tegutsenud maailma väljapaistvate orkestrite ja solistidega. Viimased kümmekond hooaega on ta muuhulgas sagedasti esinenud Iisraeli ja Venemaa muusikalavadel ning toonud sealseid orkestreid ka Eestisse, nii omanimelise festivali raames kui ka väljaspool seda.
Tema esitusstiil on eriliselt individuaalne. Muusikaga, mida ta esitab, olgu need Viini klassikute või Mahleri ja Šostakovitši sümfooniad, väljendab ta väga isikupärast muusikamõistmist. Tema taktikepi all kõlavad ka tuntuimad klassikateosed tänavapäevaselt ja värskelt. Tema repertuaari tuuma moodustavad vokaalsümfoonilised suurvormid – oratooriumid, passioonid ja muud dramaatilised oopused –, mida ta esitab kaasahaarava kirega. Erilise vaimustusega toob ta (esi)ettekandele tänapäeva suurte heliloojate teoseid, kellega tunneb sügavat loomingulist sidet. Viimase aja esiettekannetest võiks märkida Gubaidulina viiulikontserti „Ich und Du“ (2018) ja Raskatovi „Ex oriente lux“ (2019) väljapaistva solisti Vadim Repiniga. 2014. aastal tõi ta Brüsselis esiettekandele Penderecki oopuse tuhandele lauljale ja orkestrile „Dies illa“, millega mälestati I maailmasõja ohvreid.
Lisaks dirigeerimisele esineb Andres Mustonen oma üliõpilaspõlves loodud ansambliga Hortus Musicus, mis tegutseb tema juhtimisel nüüd juba 47. aastat. Algselt varakristlikule muusikale pühendunud ansambli repertuaar on laienenud igas suunas ja ulatub traditsioonilistest Lähis-Ida ja india viisidest tänapäeva kõige uuemate helitöödeni.
Sellele lisaks meeldib Mustonenile mängida koos sõpradega kammermuusikat ning esitada barokkmuusika tähtteoseid, nagu Bachi Brandenburgi kontserdid ja Goldbergi variatsioonid ka džässivõtmes oma hingesugulastest ansambliga Art Jazz Kvartett.